نه تنها نام علی علیه السلام بلکه نام سایر امامان معصوم علیهم السلام هم در قرآن مجید نیامده ، و نیازی هم نبوده که نام آن بزرگواران در قرآن بیاید ، چنان که از صد و بیست و چهار هزار پیامبر فقط نام بیست و چند تن از آنان به خاطر ضرورت آمده است ، و نیز شکل ظاهری بسیاری از احکام چون نماز ، زکات ، حج ، و . . . . در قرآن نیامده و این نقص و عیب کتاب خدا نیست کتاب خدا برای هدایت بندگان کتابی جامع و کامل است ولی دارای قوانین سربسته که توضیحش طبق خود آیات بر عهده پیامبر و پس از او بر عهده معصومان است .
از جمله آیات سربسته و مبهم آیات مربوط به رهبری پس از پیامبر است که گاهی در آن آیات به ویژه گی ها و اوصاف اشاره شده مانند دو آیه زیر :اطیعوالله و اطیعوا الرسول و اولوا الامر منکم که اولوا الامر مبهم است و رسول خدا بر اساس روایات زیادی که شیعه و سنی نقل کرده اند نام دوازده امام معصوم علیهم السلام را بیان کرد و آنان را مصداق حقیقی اولوا الامر در آیه معرفی فرمود. و آیه : انما ولیکم الله و رسوله و الذین آمنوا الذین یقیمون الصلاه و یوتون الزکاه و هم راکعون. سرپرست و رهبر و ولی شما خدا و پیامبر و مومنانی هستند که بر پا دارنده نماز و ادا کننده زکات اند در حالی که در رکوعند که وصف ایمان و اقامه صلاه و ادای زکات در حال رکوع به نوشته شیعه و سنی در رابطه با علی علیه السلام است .آن حضرت مصداق اتم آیات جهاد ، هجرت ،ایمان ، اخلاص ، بندگی ، و علم و دانش است و موقعیت ولایتی آن حضرت به این صورت در جامعه محفوظ تر می ماند تا نام آن حضرت ذکرشود و هر علی نامی به جان جامعه بیفتد و بگوید منظور از علی در قرآن من هستم.