اختلاف اساسی شیعه و سنی برسد خلافت اسلامی و مرجعیت دینی است. اهل سنت امامت را به عنوان رهبری اجتماع قبول دارند، ولی امامت به معنای مرجعیت دینی و به معنی ولایت را نمی پذیرند. اهل تسنن برای هیچ کس حتی برای ابوبکر و عمر و عثمان چنین منصبی را قائل نیستند، از این رو عصمت را در امام و خلیفه لازم نمی دانند، ولی شیعه امامان خود را معصوم از خطا می دانند. از این رو استاد مطهری(ره) اختلاف سنی و شیعه را در بحث امامت ریشه ای می داند و می گوید: "آن چیزی که شیعه به نام امامت معتقد است، غیر از آن چیزی است که آن ها به نام امامت معتقدند. آن چه اهل تسنن به نام امامت معتقدند، یک شأن دنیایی امامت معتقدند. امام همان حاکم میان مسلمین، فردی از افرادی مسلمین که باید او را برای حکومت انتخاب کنند. آن ها بیش از حکومت بالا نرفتند، ولی امامت در شیعه مسئله ای است تالی تلو (مقارن) نبوت و بلکه از بعضی از درجات نبوت بالاتر است".
بر این اساس امامت از نظر شیعه جزء اصول دین است، ولی نزد اهل سنت از فروع دین محسوب می شود، زیرا امامت از منظر اهل سنت در حد رهبری سیاسی مسلمانان بعد از پیامبر است.
در این صورت یک مسئلة فرعی مثل نماز خواهد بود، اما امامت در شیعه مفهومی است نظیر نبوت. در حقیقت ولایت ادامه نبوت است. این از رو باید در کنار نبوت به عنوان یکی از اصول دین مطرح گردد.
اختلاف دیگر سنی و شیعه در مورد صحابه رسول الله است. اهل سنت معتقدند همه صحابه عادل اند. ابن حجر می گوید: "اهل سنت اجماع دارند بر این که همة صحابه عادل اند و در این مورد جز بدعت گزاران مخالفتی ندارند".
اما شیعه معتقد است در صحابه منافق نیز وجود داشته و آیه "افک" گواه بر این مدعا است. از طرفی ملاک جدایی مؤمن و منافق را پیامبر اکرم(ص) محبت امام علی و بغض آن حضرت قرار داده اند.
از این رو هر کس بغض علی(ع) را داشته باشد و با او بجنگد، منافق خواهد بود و در این جهت فرقی بین صحابه و غیر صحابه نیست.
شایان یاد آوری است که امروزه برخی از اهل سنت، عدالت صحابه را قبول ندارند.
اختلاف اصلی دیگر در منابع استنباط احکام اسلامی است. اهل سنت در کنار کتاب و سنت و اجماع، اجتهاد صحابه را نیز به عنوان یکی از منابع اصلی شناخت و تعیین احکام بر شمرده‌اند که منظور از اجتهاد، عمل به رأی است. نزد شیعه و اهل بیت، قرآن و سنت دو منبع اساسی برای احکام الهی است و قیاس و عمل به رأی و اجتهاد جایگاهی ندارد. اهل بیت خود نیز حکمشان را مستند به قرآن و سنت رسول می کردند. برای مطالعه و تحقیق بیشتر به کتاب معالم المدرستین یا ترجمة آن به نام نشانه های دو مکتب علامه سید مرتضی عسگری مراجعه فرمایید.
البته اختلافات دیگری نیز در مسائل جزئی و امور عبادی وجود دارد، مانند نحوه وضو گرفتن، نحوه نماز خواندن که همه به مبنای کلامی واعتقادی بر می گردد که توضیح داده شد.
اما شباهت های سنی و شیعه زیاد است. در اصل اعتقاد به توحید و نبوت و معاد و قرآن و کعبه و وجوب نماز و روزه و زکات و بقیه فروع دین بسیاری از احکام و محرمات مانند حرمت قمار و شراب و دروغ و غیبت وحدت نظر وجود دارد.