در سال ٢٠٠ هجرى قمرى در پى اصرار و تهديد مأمون عباسى سفر تبعيد گونه حضرت رضا (ع) به مرو انجام شد و آن حضرت بدون اين كه كسى از بستگان و اهل بيت خود را همراه ببرند راهى خراسان شدند. 

يك سال بعد از هجرت برادر، حضرت معصومه (س) به شوق ديدار برادر و اداي رسالت زينبي و پيام ولايت به همراه عده اى از برادران و برادرزادگان به طرف خراسان حركت كرد و در هر شهر و محلى مورد استقبال مردم واقع مى شد. 

اين جا بود كه آن حضرت نيز همچون عمه بزرگوارشان حضرت زينب(س) پيام مظلوميت و غربت برادر گراميشان را به مردم مؤمن و مسلمان مى رساندند و مخالفت خود و اهلبيت (ع) را با حكومت حيله گر بنى عباس اظهار مى كرد. بدين جهت تا كاروان حضرت به شهر ساوه رسيد عده اى از مخالفان اهلبيت كه از پشتيبانى مأموران حكومت برخوردار بودند،سر راه را گرفتند و با همراهان حضرت وارد جنگ شدند، در نتيجه تقريباً همه مردان كاروان به شهادت رسيدند، حتى بنابر نقلى حضرت(س) معصومه را نيز مسموم كردند. 

به هر حال ، يا بر اثر اندوه و غم زياد از اين ماتم و يا بر اثر مسموميت از زهر جفا، حضرت فاطمه معصومه (س)بيمار شدند و چون ديگر امكان ادامه راه به طرف خراسان نبود قصد شهر قم را نمود. پرسيد: از اين شهر«ساوه» تا «قم» چند فرسنگ است؟ آن چه بود جواب دادند، فرمود: مرا به شهر قم ببريد، زيرا از پدرم شنيدم كه مى فرمود: شهر قم مركز شيعيان ما است.

بزرگان شهر قم وقتى از اين خبر مسرت بخش مطلع شدند به استقبال آن حضرت شتافتند; و در حالى كه «موسى بن خزرج» بزرگ خاندان «اشعرى» زمام ناقه آن حضرت را به دوش مى كشيد و عده فراوانى از مردم پياده و سواره گرداگرد كجاوه حضرت در حركت بودند، حدوداً در روز ٢٣ ربيع الاول سال ٢٠١ هجرى قمرى حضرت وارد شهر مقدس قم شدند. سپس در محلى كه امروز «ميدان مير» ناميده مى شود شتر آن حضرت در جلو در منزل «موسى بن خزرج» زانو زد و افتخار ميزبانى حضرت نصيب او شد. 

آن بزرگوار به مدت ١٧ روز در اين شهر زندگى كرد و در اين مدت مشغول عبادت و راز و نياز با پروردگار متعال بود. محل عبادت آن حضرت در مدرسه ستيه به نام «بيت النور» هم اكنون محل زيارت ارادتمندان آن حضرت است. 

سرانجام در روز دهم ربيع الثانى و «بنا بر قولى دوازدهم ربع الثانى» سال ٢٠١ هجرى پيش از آن كه ديدگان مباركش به ديدار برادر روشن شود، در ديار غربت و با اندوه فراوان ديده از جهان فروبست و شيعيان را در ماتم خود به سوگ نشاند .مردم قم با تجليل فراوان پيكر پاكش را به سوى محل فعلى كه در آن روز بيرون شهر و به نام «باغ بابلان» معروف بود تشييع نمودند. همين كه قبر مهيا شد دراين كه چه كسى بدن مطهر آن حضرت را داخل قبر قرار دهد دچار مشكل شدند، كه ناگاه دو تن سواره كه نقاب به صورت داشتند از جانب قبله پيدا شدند و به سرعت نزديك آمدند و پس از خواندن نماز يكى از آن دو وارد قبر شد و ديگرى جسد پاك و مطهر آن حضرت را برداشت و به دست او داد تا در دل خاك نهان سازد. 

آن دو نفر پس از پايان مراسم بدون آن كه با كسى سخن بگويند بر اسب هاى خود سوار و از محل دور شدند.بنا به گفته بعضي از علما به نظر مى رسد كه آن دو بزرگوار، دو حجت پروردگار: حضرت رضا (ع) و امام جواد (ع) باشند چرا كه معمولاً مراسم دفن بزرگان دين با حضور اوليا الهي انجام شده است. 

پس از دفن حضرت معصومه(س) موسى بن خزرج سايبانى از بوريا بر فراز قبر شريفش قرار داد تا اين كه حضرت زينب فرزند امام جواد(ع) به سال ٢٥٦ هجرى قمرى اولين گنبد را بر فراز قبر شريف عمه بزرگوارش بنا كرد و بدين سان تربت پاك آن بانوى بزرگوار اسلام قبله گاه قلوب ارادتمندان به اهلبيت (ع). و دارالشفاي دلسوختگان عاشق ولايت وامامت شد."آفتاب" سالروز وفات آن حضرت را به تمام عاشقان حضرتش تسلیت می گوید.

احادیثی پیرامون حضرت معصومه(س)
قال الصادق عليه السلام:
ان للّه حرماً و هو مكه ألا انَّ لرسول اللّه حرماً و هو المدينة ألا وان لاميرالمؤمنين عليه السلام حرماً و هو الكوفه الا و انَّ قم الكوفة الضغيرة ألا ان للجنة ثمانيه ابواب ثلاثه منها الى قم تقبض فيها اموأة من ولدى اسمها فاطمه بنت موسى عليهاالسلام و تدخل بشفاعتها شيعتى الجنة با جمعهم

خداوند حرمى دارد كه مكه است پيامبر حرمى دارد و آن مدينه است و حضرت على (ع) حرمى دارد و آن كوفه است و قم كوفه كوچك است كه از 8 درب بهشت سه درب آن به قم باز مى شود - زنى از فرزندان من در قم از دنيا مى رود كه اسمش فاطمه دختر موسى (ع) است و به شفاعت او همه شيعيان من وارد بهشت مى شوند.


عن سعد عن الرضا(ع) قال:
يا سعد من زارها فله الجنة
ثواب الأعمال و عيون اخبار الرضا(ع): عن سعد بن سعد قال: سالت اباالحسن الرضا(ع) عن فاطمه بنت موسى بن جعفر (ع) فقال:
من زارها فله الجنة
امام رضا (ع) فرمود- كسى كه حضرت فاطمه معصومه را زيارت كند پاداش او بهشت است . 

كامل الزيارة:عن ابن الرضا عليهماالسلام قال:
من زار قبر عمتى بقم فله الجنة
امام جواد - كسى كه عمه ام را در قم زيارت كند پاداش او بهشت است . 

امام صادق (ع):
من زارها عارفاً بحقّها فله الجنة (بحار ج ٤٨ صفحه ٣٠٧)
امام صادق (ع) كسى كه آن حضرت را زيارت كند در حالى كه آگاه و متوجه شأن و منزلت او باشد بهشت پاداش اوست . 

امام صادق (ع):
«الّا انَّ حرمى و حرم ولدى بعدى قم» (بحار ج ٦٠ صفحه ٢١٦ )
امام صادق (ع) - آگاه باشيد كه حرم و حرم فرزندان بعد از من قم است

جايگاه حضرت معصومه(س)
لقب «معصومه» را امام رضا(ع) به خواهر خود عطا فرمود:آن حضرت در روايتى فرمود:
«مَنْ زَارَ الْمَعصُومَةَ بِقُمْ كَمَنْ زَارَنى.» (ناسخ التواريخ، ج ٣، ص ٦٨، به نقل از كريمه اهل بيت، ص ٣٢)

«هركس معصومه را در قم زيارت كند،مانند كسى است كه مرا زيارت كرده است.»
اين لقب، كه از سوى امام معصوم به اين بانوى بزرگوار داده شده، گوياى جايگاه والاى ايشان است.

امام رضا(ع) در روايتى ديگر مى فرمايد:
هركس نتواند به زيارت من بيايد، برادرم را در رى يا خواهرم را در «قم» زيارت كند كه ثواب زيارت مرا در مى يابد. (زبدة التصانيف، ج ٦، ص ١٥٩، به نقل از كريمه اهل بيت، ص ٣ .)