مستند مسجد جمکران قضیه ای که مرحوم محدث نوری در کتاب نجم الثاقب و جنه الماوی و الکلمه الطیبه که از کتابهای معتبر است و نیز میرزا محمد تقی در کتاب تاریخ دار الایمان و دیگران از کتاب تاریخ قم تالیف حسن بن محمد بن حسن قمی به نقل از کتاب – مونس الحزین – محمد بن بابویه معروف به شیخ صدوق نقل کرده اند . این نقل مشتمل بر قضیه ای از حسن بن مثله جمکرانی است که در آن اشاره به ملاقاتی شده که او در سال 293 هجری در بیداری با امام زمان (عج) داشته است.
در این دیدار حضرت به او دستور می دهد که با عالم جلیل القدر سید ابی الحسن الرضا از علمای قم ارتباط پیدا کرده و با کمک او مسجدی را در این مکان موجود بنا نماید . که الان به عنوان مسجد اصلی مشخص است ، و در کنار آن شبستان نهایی نیز در طرح توسعه مسجد اضافه شده است.