گرچه از برخی روایات بر می‌آید که "بقیه الله" در آیه 86، سوره "هود" "بَقِیت‌ُ اللَّه‌ِ خَیرٌ لَّکُم...." به حضرت مهدی تفسیر شده است، از جمله حضرت امام محمد باقر می‌فرماید: "نخستین سخنی که حضرت مهدی پس از قیام خود می‌گوید آیه "بَقِیت‌ُ اللَّه‌ِ خَیرٌ لَّکُم..." است، سپس می‌گوید بقیه الله و حجت خدا در میان شما من هستم، سپس هیچ کس بر او سلام نمی‌کند مگر آن که می‌گوید: السلام علیک یا بقیه الله فی ارضه". در روایات فراوانی نیز آیه 33، سوره توبه به امام زمان تفسیر شده است. ولی ظاهراً روشن‌ترین آیه که بر ظهور حضرت امام زمان دلالت می‌کند، آیه 55 سوره نور است که می‌فرماید: "خدا به کسانی از شما که ایمان آورده و کارهای شایسته کرده‌اند، وعده داده است که حتماً آنان را در این سرزمین جانشین خود قرار دهد; همان گونه که کسانی را که پیش از آنان بودند جانشین خود قرار داد، و آن دینی را که بر ایشان پسندیده است به سودشان مستقر کند، و بیمشان را به ایمنی مبدل گرداند، تا مرا عبادت کنند و چیزی را با من شریک نگردانند، و هر کس پس از آن به کفر گراید، آنانند که نافرمانند." پیامبر گرامی‌می‌فرماید: "اگر از عمر دنیا جز یک روز باقی نماند خداوند آن یک روزی را آنقدر طولانی می‌کند تا مردی از دودمان من که نامش نام من است حاکم بر زمین شود و صفحه زمین را پر از عدل و داد کند، آن گونه که از ظلم و جور پر شده باشد."