چون زائر قصد خروج از شهر را کرد آن دو بزرگوار را وداع کند، با دعاهای وداعی که از جمله آن‌ها دعایی است که شیخ طوسی(علیه‌الرّحمه) درکتاب «تهذیب» ذکر فرموده: که چون خواستی حضرت موسی بن جعفر را وداع گویی نزد قبر بایست و بگو:
السَّلامُ عَلَيْكَ يَا مَوْلايَ يَا أَبَا الْحَسَنِ وَرَحْمَةُ اللّٰهِ وَبَرَكاتُهُ، أَسْتَوْدِعُكَ اللّٰهَ وَأَقْرَأُ عَلَيْكَ السَّلامَ، آمَنَّا بِاللّٰهِ وَبِالرَّسُولِ وَبِما جِئْتَ بِهِ وَدَلَلْتَ عَلَيْهِ، اللّٰهُمَّ اكْتُبْنا مَعَ الشَّاهِدِينَ.
سلام بر تو ای مولایم ای ابا الحسن و رحمت و برکات خدا بر تو باد، به خدا می‌سپارمت و بر تو سلام می‌فرستم، به خدا و رسول و به آنچه تو آورده‌ای و بر آن نشانه نهادی ایمان آوردیم؛ خدایا ما را در شمار گواهان بنویس.
همچنین در وداع حضرت جواد(علیه‌السلام) می‌گویی:
السَّلامُ عَلَيْكَ يَا مَوْلايَ يَا ابْنَ رَسُولِ اللّٰه وَرَحْمَةُ اللّٰه وَبَرَكاتُهُ، أَسْتَوْدِعُكَ اللّٰهَ وَأَقْرَأُ عَلَيْكَ السَّلامَ، آمَنَّا بِاللّٰهِ وَبِرَسُو لِهِ وَبِما جِئْتَ بِهِ وَدَلَلْتَ عَلَيْهِ، اللّٰهُمَّ اكْتُبْنا مَعَ الشَّاهِدِينَ.
سلام بر تو ای مولایم ای ابا الحسن و رحمت و برکات خدا بر تو باد، به خدا می‌سپارمت و بر تو سلام می‌فرستم، به خدا و رسول و به آنچه تو آورده‌ای و بر آن نشانه نهادی ایمان آوردیم؛ خدایا ما را در شمار گواهان بنویس.
آنگاه از خدا بخواه که این آخرین زیارت تو نباشد و دوباره توفیق بازگشتن به دست آوری و قبر را ببوس و دو سمت صورتت را بر قبر بگذار.