به باور برخى از مقتل نويسان جعفر بن محمّد بن عقيل در شمار شهيدان كربلا است. ولى برخى بر اين باورند كه محمّد بن عقيل فرزندى به نام جعفر نداشته است. از محمّد بن على بن حمزه نقل شده است كه جعفر همراه محمّد بن ابى سعيد بن عقيل در كربلا به شهادت رسيد. گروهى شهادت او را در واقعه حرّه مى دانند، و برخى رجز زير را در روز عاشورا به او نسبت مى دهند:
نَشْكُوا إِلَى اللَّهِ مِنَ الْعُدْوانِ قِتالِ قَوْمٍ فِى الرَّدى عَيانِ
قَدْ تَرَكُوا مَعالِمَ الْقُرانِ وَمُحْكَمُ التَّنْزيلِ وَالْبَيانِ
وَاظْهَرُوا لِلْكُفْرِ وَالطُّغْيانِ
از دشمنان به خدا شكايت مى كنم، با گروهى كه پستى و ذلّت شان آشكار است مى جنگم [آنان ] كه نشانه هاى استوار و روشن قرآن را رها و كفر و سركشى را آشكار كردند.
او پس از خواندن اين رجز به جنگ با لشكريان دشمن پرداخت و ده تن را به هلاكت رساند. سپس به دست عامر بن نهشل تميمى به شهادت رسيد. گروهى ديگر از مورّخان اين مطالب را درباره محمّد بن عبداللَّه بن جعفر بن ابى طالب نوشته اند.
منبع : منبع: پژوهشی پیرامون شهدای کربلا، پژوهشکده تحقیقات اسلامی.