در رابطه با دعایی که پس از زیارت هر یک از امامان خوانده می‌شود، سید ابن طاووس فرموده: مستحب است این دعا بعد از زیارت ائمه(علیهم‌السلام) خوانده شود:
اللّٰهُمَّ إِنْ كانَتْ ذُنُوبِي قَدْ أَخْلَقَتْ وَجْهِي عِنْدَكَ، وَحَجَبَتْ دُعائِي عَنْكَ، وَحالَتْ بَيْنِي وَبَيْنَكَ، فَأَسْأَلُكَ أَنْ تُقْبِلَ عَلَيَّ بِوَجْهِكَ الْكَرِيمِ، وَتَنْشُرَ عَلَيَّ رَحْمَتَكَ، وَتُنَزِّلَ عَلَيَّ بَرَكاتِكَ، وَإِنْ كانَتْ قَدْ مَنَعَتْ أَنْ تَرْفَعَ لِي إِلَيْكَ صَوْتاً، أَوْ تَغْفِرَ لِي ذَنْباً، أَوْ تَتَجاوَزَ عَنْ خَطِيئَةٍ مُهْلِكَةٍ،
خدایا اگر گناهانم مرا در پیشگاه تو بی‌آبرو نموده و دعایم را از تو پوشانده و میان من و تو پرده گشته، از تو می‌خواهم که به سوی من با ذات کریمت رو آوری و رحمتت را بر من بگسترانی و برکاتت را بر من نازل کنی و اگر گناهانم مانع شده که از من به سوی خود صدایی را بالا بری، یا برایم گناهی را بیامرزی، یا از خطای هلاک کننده‌ای گذشت کنی،
فَها أَنَذَا مُسْتَجِيرٌ بِكَرَمِ وَجْهِكَ وَعِزِّ جَلالِكَ، مُتَوَسِّلٌ إِلَيْكَ، مُتَقَرِّبٌ إِلَيْكَ بِأَحَبِّ خَلْقِكَ إِلَيْكَ، وَأَكْرَمِهِمْ عَلَيْكَ، وَأَوْلاهُمْ بِكَ، وَأَطْوَعِهِمْ لَكَ، وَأَعْظَمِهِمْ مَنْزِلَةً وَمَكاناً عِنْدَكَ مُحَمَّدٍ، وَبِعِتْرَتِهِ الطَّاهِرِينَ الْأَئِمَّةِ الْهُداةِ الْمَهْدِيِّينَ، الَّذِينَ فَرَضْتَ عَلَىٰ خَلْقِكَ طاعَتَهُمْ، وَأَمَرْتَ بِمَوَدَّتِهِمْ، وَجَعَلْتَهُمْ وُلاةَ الْأَمْرِ مِنْ بَعْدِ رَسُولِكَ صَلَّى اللّٰهُ عَلَيْهِ وَآلِهِ، يَا مُذِلَّ كُلِّ جَبَّارٍ عَنِيدٍ، وَيَا مُعِزَّ الْمُؤْمِنِينَ بَلَغَ مَجْهُودِي، فَهَبْ لِي نَفْسِيَ السَّاعَةَ وَرَحْمَةً مِنْكَ تَمُنُّ بِها عَلَيَّ يا أَرْحَمَ الرَّاحِمِينَ.
اینک من آنم که پناه جوینده به کرم ذات و عزّت جلال توأم، متوسّل به سوی تو و متقرّب به جانب توأم، به محبوب‌ترین آفریده‌ات در پیشگاه تو و گرامی‌ترینشان نزد تو و شایسته‌ترینشان به تو و فرمانبردارترینشان برای تو و بزرگ‌ترینشان در منزلت و موقعیت نزد تو، محمّد و به عترت پاکش، پیشوایان رهنما و ره‌یافته، آنان که طاعتشان را بر بندگانت واجب کردی و به مودّتشان امر فرمودی و آنان را پس از پیامبرت، درود خدا بر او و خاندانش، متولیان حکومت قرار دادی، ای خوارکننده هر گردنکش لجوج و ای تواناکنندۀ مؤمنان، تاب و توانم به سر رسید، پس همین ساعت مرا ببخش و رحمتی را از جانب خود به من عنایت کن که با آن بر من منّت نهی، ای مهربان‌ترین مهربانان.
پس ضریح را ببوس و هر دو طرف صورت خود را بر آن گذار و بگو:
اللّٰهُمَّ إِنَّ هٰذَا مَشْهَدٌ لَايَرْجُو مَنْ فاتَتْهُ فِيهِ رَحْمَتُكَ أَنْ يَنالَها فِي غَيْرِهِ، وَلَا أَحَدٌ أَشْقىٰ مِنِ امْرِىً قَصَدَهُ مؤَمِّلاً فَآبَ عَنْهُ خائِباً . اللّٰهُمَّ إِنِّي أَعُوذُ بِكَ مِنْ شَرِّ الْإِيَابِ، وَخَيْبَةِ الْمُنْقَلَبِ، وَالْمُناقَشَةِ عِنْدَ الْحِسابِ، وَحاشَاكَ يَا رَبِّ أَنْ تَقْرِنَ طَاعَةَ وَلِيِّكَ بِطاعَتِكَ، وَمُوالاتَهُ بِمُوالاتِكَ، وَمَعْصِيَتَهُ بِمَعْصِيَتِكَ، ثُمَّ تُؤْيِسَ زائِرَهُ وَالْمُتَحَمِّلَ مِنْ بُعْدِ الْبِلادِ إِلَىٰ قَبْرِهِ، وَعِزَّتِكَ يَا رَبَّ لَايَنْعَقِدُ عَلَىٰ ذٰلِكَ ضَمِيرِي، إِذْ كانَتِ الْقُلُوبُ إِلَيْكَ بِالْجَمِيلِ تُشِيرُ.
خدایا به درستی که این محل، زیارتگاهی است که اگر کسی در اینجا رحمتت به او نرسد امید ندارد که در جای دیگر به او برسد و نه احدی بدبخت‌تر از کسی است که آرزوکنان اینجا را قصد کند و از آن ناامید بازگردد. خدایا به تو پناه می‌آورم از شرّ چنان بازگشتی و از نومیدی محلّ مراجعت [قیامت] و سخت‌گیری به هنگام حساب، از تو بعید است ای پروردگارم که پیونددهی طاعت ولی‌ّات را به طاعتت و دوستی‌اش را به دوستی‌ات و نافرمانی‌اش را به نافرمانی‌ات، سپس زائر او را و کسی که دوری شهرها را برای زیارت قبرش تحمّل نموده ناامید کنی! به عزّتت سوگند ای پروردگارم که نهادم بر این ناامید شدن گره نمیخورد زیرا دل‌ها به سوی تو به احسان اشاره کرده‌اند.
سپس نماز زیارت بخوان و چون خواستی وداع گویی و از آنجا بازگردی بگو:
السَّلامُ عَلَيْكُمْ يَا أَهْلَ بَيْتِ النُّبُوَّةِ وَمَعْدِنَ الرِّسالَةِ سَلامَ مُوَدِّعٍ لَاسَئِمٍ وَلَا قالٍ وَرَحْمَةُ اللّٰهِ وَبَرَكاتُهُ...تا آخر [زیارت وداع ائمه را اینجا بخوانید.]
سلام بر شما ای اهل‌بیت نبوّت و سرچشمه رسالت، سلام وداع کننده، نه سلام خسته و خشمگین و رحمت و برکات خدا بر شما باد.
شیخ مفید هم این دعا را نقل کرده است، ولی بعد از «بِالجَمیلِ تُشیر» فرموده است: پس بگو:
يَا وَلِيَّ اللّٰهِ إِنَّ بَيْنِي وَبَيْنَ اللّٰهِ عَزَّوَجَلَّ ذُنُوباً لَايَأْتِي عَلَيْها إِلّا رِضاكَ، فَبِحَقِّ مَنِ ائْتَمَنَكَ عَلَىٰ سِرِّهِ، وَاسْتَرْعاكَ أَمْرَ خَلْقِهِ، وَقَرَنَ طاعَتَكَ بِطاعَتِهِ، وَمُوالاتَكَ بِمُوالاتِهِ، تَوَلَّ صَلاحَ حالِي مَعَ اللّٰهِ عَزَّوَجَلَّ، وَاجْعَلْ حَظِّي مِنْ زِيارَتِكَ تَخْلِيطِي بِخالِصِي زُوَّارِكَ الَّذِينَ تَسْأَلُ اللّٰهَ عَزَّوَجَلَّ فِي عِتْقِ رِقابِهِمْ وَتَرْغَبُ إِلَيْهِ فِي حُسْنِ ثَوابِهِمْ، وَهَا أَنَا الْيَوْمَ بِقَبْرِكَ لائِذٌ، وَبِحُسْنِ دِفاعِكَ عَنِّي عائِذٌ، فَتَلافَنِي يَا مَوْلايَ وَأَدْرِكْنِي وَاسْأَلِ اللّٰهَ عَزَّوَجَلَّ فِي أَمْرِي، فَإِنَّ لَكَ عِنْدَ اللّٰهِ مَقاماً كَرِيماً وَجاهاً عَظِيماً، صَلَّى اللّٰهُ عَلَيْكَ وَسَلَّمَ تَسْلِيماً.
ای ولی خدا، همانا بین من و خدای عزّوجل گناهانی است که آن‌ها را جز خشنودی تو از بین نمی‌برد، پس به حق آن‌که تو را بر رازش امین قرار داده و زیر نظر داشتن کار بندگانش را از تو خواسته و طاعت تو را به طاعتش و دوستی‌ات را به دوستی‌اش پیوند داد، اصلاح حال مرا با خدای عزّوجل به عهده گیر و بهره مرا از زیارتت، آمیختنم با زائران خالصت قرار ده، آنان که آزادی آن‌ها را از عذاب قیامت، از خدا درخواست می‌کنی و به او در خوبی پاداششان رغبت می‌نمایی، اینک من امروز به قبر تو پناهنده شده‌ام و به خوبی دفاعت از من، به قبر تو پناه جسته‌ام، پس کمبود کار مرا جبران کن ای مولایم و مرا دریاب و از خدای عزّوجل، اصلاح در کارم را بخواه که برای تو نزد خدای مقام کریم و منزلتی عظیم است، درود و سلام خدا بر تو و سلامی خاص و شایسته.
نویسنده گوید: بهتر آن است که زائر در مشاهد مشرفه، چون بخواهد دعا کند، بلکه هر دعاکننده‌ای در هر کجا که باشد، برای هر مطلب و حاجتی که بخواهد دعا نماید، بر دعای خود مقدم کند دعا برای سلامتی وجود مقدّس حجّت عصر، حضرت صاحب‌الامر(علیه‌السلام) را و این مطلب، مطلبی بسیار مهم و دارای فواید فوق‌العاده است که شرحش مناسب اینجا نیست و مرحوم شیخ نوری، در باب دهم کتاب «نجم ثاقب»، این مطلب را مشروحاً ذکر کرده و بعضی از دعاهای مخصوص به این مقام را نوشته، هرکه می‌خواهد به آنجا رجوع کند و مختصرترین آن‌ها دعایی است که در اعمال شب بیست‌وسوم ماه رمضان، در ضمن دعاهای شب‌های دههٔ آخر ذکر شد.
و نیز در ذکر آداب زائر امام حسین(علیه‌السلام) دعایی نقل کردیم که در همهٔ مشاهد مشرّفه خوانده می‌شود.